Ten behoeve van de uitvoering van de Werkkostenregeling bevat MKG verschillende WKR-rapporten. Deze rapporten tonen een WKR-overzicht per jaar. Hierin worden onder andere de vrije ruimte, onbelaste vergoedingen en gerichte vrijstellingen getoond. Daarnaast wordt een overzicht van de journaalposten per WKR-soort, grootboekrekening en periode weergegeven.

Het aanmaken en onderhouden van grootboekrekeningen in MKG gebeurt in de module 'Grootboekrekeningen'.

Per 1 januari 2015 vervangt de werkkostenregeling (WKR) de regeling voor vrije vergoedingen en verstrekkingen. De werkkostenregeling geldt voor alle vergoedingen, verstrekkingen en ter beschikking gestelde voorzieningen die tot het loon uit tegenwoordige dienstbetrekking horen.